中华民国时期

  初有总理公推1人，司库1人。至1930年代开始实行理事会制度，设理事长一名，而理事大多为当时汕头埠的工商业名流。下设法事股、福利股、教育股、掩埋队、消防队、救护队等机构，并开办有存心医院、存心学校、汕头第一儿童教养院、存心善堂、存心善堂水龙局、存心汕头义冢并附设吊唁厅等附属机构。当时工作人员100多人，社友2000多人。其中存心善堂水龙局设有1支专职消防队、3支义务消防队和2支义务救护队，配备灭火机汽车2部。 　资金依靠捐款，有本土绅商平民百姓，也有东南亚侨胞、港澳同胞，尤其是来自香港善庆善堂以及泰国华侨报德善堂。

中华人民共和国

  根据2003公布的《汕头慈善总会存心善堂福利会管理规则》，在社团地位上，存心善堂等几个善堂属于汕头慈善总会的分支机构，不具法人资格，须承认和执行汕头慈善总会《章程》和宗旨，服从汕头慈善总会的领导，其领导班子须报汕头慈善总会审批，由后者决定任命与否。在重大活动上，须向汕头慈善总会做请示报告，而涉及外事的则要提前10天打报告。尽管存心善堂仍被视是一个社团实体，但实际上被分割成三个经济上相对独立的分堂。另一方面，由于政府规定民间社团要有相应的活动范围，无法再维持民国时期的总－分堂关系，其影响力多少相对降低。财政上，可自行设立一个银行账户，但收支情况每季度上报汕头慈善总会并接受其年检。存心善堂原有动产不动产归存心善堂福利会集体所有；组织结构上，善堂理事会由会长、秘书处、财务部、法事部、总务部、后勤部、堂务部、福利部和业务部构成。