1936年12月“西安事变”发生，在中国共产党的推动和帮助下，蒋介石接受了停止内战，联共抗日的条件，事变和平解决，国共第二次合作，全国出现了一个抗日新高潮。1937年2月，为了进一步团结全国各族各阶层人民共同抗日，促成以国共合作为基础的抗日民族统一战线的建立，中共中央正式宣布取消两个政权的对峙局面，并致电国民党五届三中全会，提出国民党停止内战，一致对外；保障人民的民主权利；改善人民生活；迅速完成抗日准备，共同抗日救国的五项要求和共产党保证在全国范围内停止使用武力推翻国民政府的政策；将工农民主共和国政府改为中华民国特区政府；将工农红军改为国民革命军，直接受南京中央政府和军事委员会指导；将苏维埃民主制改为抗日民主制，实行普选的民主政治，在特区内停止没收地主的土地等四项保证。3月，中华苏维埃共和国临时中央政府驻西北办事处正式宣布改苏维埃民主制为抗日民主制，并改名陕甘宁特区政府，5月又改为陕甘宁边区政府，公布了《陕甘宁边区议会及行政组织纲要》和《陕甘宁边区选举条例》。7月15日，以周恩来、博古、林伯渠为代表的中国共产党代表团和以蒋介白、张冲、邵力子为代表的国民党代表团在庐山举行会议，会上国民党承认陕甘宁边区。是月，边区内普遍开展了民主选举，建立各县区抗日民主政府。9月6日，陕甘宁边区政府正式成立。10月12日，国民政府行政院第333次行政会通过决议，确认陕甘宁边区为行政院直属行政区。
为了行政方便，陕甘宁边区政府先后将陕甘宁、陕北两省及神府、关中两特区撤销，设立庆环、三边、关中3个分区，分区专署辖9县，边区政府直辖1市11县，共21县市。1945年，边区政府共辖5个分区，31县（市、区）。