2000年，云莲寺礼请时任省佛教协会会长新成大和尚任方丈，成立寺务委员会，郑炎华居士任副主任，负责寺院的日常管理工作。根据《宗教事务条例》等宗教法规和佛教有关教制规定，建立健全管理制度，制定了《广东省海丰县莲花山云莲寺民主管理规定》共5款40条。寺务委员会认真落实民主管理规定，加强寺院管理和道风建设，努力建设和谐文明的佛教活动场所，寺院各项工作逐步规范化。2001年、2002年被汕尾市表彰为“佛教文明寺庵”，2004年9月被广东省佛教协会表彰为“佛教先进集体”，2004年12月被省民族宗教委授予“广东省文明宗教活动场所”称号，2007年12月又被省佛教协会授予“模范寺院”称号，2008年4月被省民族宗教委授予“广东省模范宗教活动场所”称号。