亳州是闻名遐迩的“中华药都”，是名符其实的全国最大的中药材集散地，市区内建有全国规模最大、设施最好、档次最高的“中国（亳州）中药材交易中心”。因此，亳州赢得了“数天下药都，药材天地，歧黄事业，此城最古；量人间风采，神医故里，医药文化吾地独优”的美誉。地级亳州市组建以来，全市中医药制造业尤其是饮片加工业发展加快，初步形成了现代中药产业集群。目前，中药材种植面积占全国的1/10左右，中药饮片产量约占全国的1/4左右。2009年，药业工业规模以上工业企业增加值实现14.99亿元，是2000年的96倍。北京同仁堂、上海雷允上、和记黄埔等一大批知名药企纷纷入驻亳州，康美药业公司投资15亿元，打造年销售收入超过100亿元的康美（亳州）华佗国际中药城正式启动。总产值规模超过1000亿元的《安徽省（亳州）现代中药产业发展规划》已获安徽省政府批准。现代中华药都正日益焕发独特的魅力。
一年一度的中国（亳州）中药材交易大会暨国际中医药博览会，更是成为了海内外中医药界的一大盛事。2009年施了《安徽（亳州）现代中药产业发展规划》，力争通过10年的努力，大力发展中成药、中药饮片、中药保健酒、中药日化产品、中药保健食品、中药杀虫剂杀菌剂、兽药和现代物流产业，将中药产业培育成为安徽省重点产业和亳州市支柱产业之一，产值规模超过1000亿元；同时启动实施了《中华药都·养生亳州行动计划》，规划建设药、酒、文化三大板块，构建现代中药、养生文化旅游、中医医疗保健服务三大体系，力争用3年时间，把亳州打造成特色鲜明、文化厚重、产业发达的养生之都、健康之城。
亳州中药和制药产业呈现出强有力的发展态势。亳州市已形成全国最大的中药饮片产业集群，取得饮片生产许可证的企业共有48家，生产的品种有普通饮片、毒性饮片、精加工精包装饮片、小包装饮片等饮片类型。2007年，亳州市被中国医药保健品进出口商会授予“中国中药饮片出口基地”；中成药制造规模不断扩大。亳州的中药工业正在向中药保健品、中药兽药等方向延伸。
亳州市着力建设现代物流体系，药业营销网络遍及全国各地。全市取得《药品经营许可证》的企业956家，其中通过G SP认证的703家。中国（亳州）中药材交易中心是国内上市品种最多、经营面积最大、交易最为活跃的中药材交易市场。
亳州药业企业已达60多家，到“十二五”力争全市药业生产企业达到100家以上，通过三年努力，到2012年，年销售收入5亿元以上的企业达到10家，2亿元以上的20家，1亿元以上的50家，药业生产企业产值达到150亿元以上。